一般（endemic infection)：標準防護或特殊防護
異常事件（包括群突發）：以結核病；疥瘡；痢疾桿菌、多重抗藥性細菌、困難梭菌；諾羅病毒、流感病毒
新興或再浮現傳染病：醫療院所是社區的一部分，社區流行的疾病會因為病人就醫、陪病家屬訪客由社區帶入醫院，並在醫院中散播給其他病人，醫療工作人員以及訪客。如痳疹、百日咳、水痘、parvovirus等。
依抗藥性菌株在環境中存活之能力及在人員手上移生之程度可分為兩類。
第一類主要是能在乾燥環境表面上存活一段時間的細菌，可藉由手、儀器或環境污染造成直接及間接接觸傳播(direct and indirect contact
transmission)
第二類抗藥性革蘭氏陰性菌雖然不能在乾燥的表面環境中生存及在人員手上移生，但可以藉由含水的環境造成院內傳播，大多數的革蘭氏陰性菌都有這種特性。
第一類細菌主要是能在乾燥環境存活一段時間，可藉由手、儀器或環境污染，造成直接及間接接觸傳播：
革蘭氏陽性菌：葡萄球菌（staphylococci）及腸球菌（enterococci）
革蘭氏陰性菌： Acinectobacter。
第一類抗藥性菌株包含對三類以上的抗生素具抗藥性之A. baumannii （簡稱MDRAB ）， methicillin-resistant Staphylococcus aureus（簡稱MRSA）、glycopeptides-resistant S. aureus（對vancymycin及 teicoplanin等具抗藥性，簡稱GRSA）及vancomycin-resistant enterococci（對vancomycin具抗藥性之腸球菌，簡稱VRE）等。
第二類多重抗藥性革蘭氏陰性菌雖不能在乾燥環境中生存或在人員手上移生，但可藉由潮濕環境造成院內傳播
包含Pseudomonas aeruginosa，Stenotrophomonas maltophilia等 non-fermentative gram-negative
bacilli(簡稱NFGNB)，及具ESBL（Extended-Spectrum β-Lactamase，超廣效乙內醯胺酶）之E. coli，Klebsiella pneumoniae，Enterobacter，Citrobacter等腸內菌。
A. baumannii可在乾燥環境表面存活，也能藉由潮濕環境造成院內傳播。