n1995年「院內感染控制品質」成為醫院評鑑中獨立評鑑的一組,院內感染控制品質組。
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n1996年衛生署訂定「院內感染控制計畫」推行五年計畫。
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n1998-1999年腸病毒71型大流行。
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n2000年3月「院內感染控制」之相關業務,由醫政處轉交疾病管制局〈行政院衛生署疾病管制局1999年七月成立,將防疫處、預防醫學研究所、及檢疫總所合併形成〉辦理,工作小組改為「衛生署疾病管制局院內感染諮詢委員會」。