繼防癆體系組織再造將公共衛生業務納入衛生署疾病管制局編制後，為了再次宣示政府對於結核病防治政策的決心，疾病管制局已研提總經費高達二十九億一仟二佰七十二萬七仟元之「加強結核病防治第三期五年計畫」，該項計畫經費為疾管局原編列結核病防治預算的五倍；預期至民國九十七年，年齡別標準化完治率提高為87%以上，全國結核病人初次驗痰率達97%以上，年齡別標準化死亡率每十萬人口4人，結核病個案失落率低於3.5%，改診斷平均日數低於80天。

為紀念世界結核病日（World TB Day, March 24, 2004），該局於本（九十三）年三月二十四日上午九時假福華國際文教會館前瞻廳舉辦「二○○四年結核病防治政策會議」，向各界說明疾病管制局「加強結核病防治方案第三期五年計畫」內容及未來結核病防治政策，並廣納各界建言，

此計畫自九十三年度起實施（第一、二期已於八十七年及九十二年分別執行完畢），主要策略包括：（一）結合感染症醫療網建構優質結核病診療網：成立各區結核病診療諮詢小組、後送醫院、加強院內感控管制、結合健保局結核病醫療給付改善方案、提昇診療品質、辦理診療醫師進階及個案管理專員訓練（二）建構及強化結核菌檢驗網：建構結核菌代檢網，普及及提昇檢驗品質（三）強化結核病公衛管理體系：嚴密監控疫情、主動發現病患、強化個案管理、補助病患

醫療部分負擔（四）強化特定族群結核病防治與加強結核病相關學術研究：對象包括：遊民、山地鄉、原住民、慢性開放性病患、愛滋病和糖尿病人罹患結核病、長期養護及呼吸照護病房等。

面對這古老的疾病，即使後來發明了疫苗及抗菌藥物，它仍然是全球單一病源引起最多死亡的傳染病；根據世界衛生組織的資料，全球每年約近900萬人罹患結核病、300萬人死於結核病，若以病人數統計，東南亞則是全球疫情最嚴重的地區，每年約有300萬的新病人，再加上愛滋病及抗藥性的問題火上加油，全球都面臨結核病大舉反撲的危機。

台灣地狹人稠，人口密集且流動性大，近年來開放觀光、外勞引進、國際往來頻繁，加以社會高度發展造成人際關係疏離、醫療資源普及造成個案就醫自由，結核病患的發現及管理較農業社會困難許多。結核病成為台灣人數最多的法定傳染病，民國91年結核病發生率為每十萬人口74.60人，死亡率為每十萬人口5.68人，為第十二位死亡原因。到國民所得已超過一萬三千美元的今天，每年仍有將近約一萬五千名的新發個案。台灣推展結核病防治工作已逾半世紀，在防疫人員長期的努力下，疫情雖已有很大的進展，但相較於先進國家，仍有數十年的差距，需加速改進，迎頭趕上。