以支持性療法為主，適當的症狀治療與支持性治療可提高存活率，目前無已核准之治療藥物。研發中之抗病毒藥物包括Galidesivir （BCX4430）、Remdesivir及Favipiravir等，Galidesivir為一種核苷酸類似物，可抑制RNA聚合酶，已證實在非人靈長類動物中可有效抑制馬堡病毒，人體試驗結果尚未公布；Remdesivir與Favipiravir均為RNA聚合酶抑制劑，對多種RNA病毒有抑制效果，非人靈長類動物試驗中顯示可降低動物死亡率，但尚無人類研究。其中Remdesivir在2023年赤道幾內亞疫情被使用於恩慈療法（compassionate use）。另有單株抗體如MR191-N、MR186-YTE亦在非人靈長類動物試驗中顯示效果。