衛生署疾病管制局截至10月11日之資料顯示，台灣於今年9月發病或診斷之法定傳染病確定病例共2181例。去（95）年同期之確定病例共2397例。
今年9月2181例確定病例中，無第一類傳染病；第二類傳染病230例，占確定病例總數10.6%，前三位依序為登革熱184例、桿菌性痢疾16例及急性病毒性A型肝炎12例；第三類傳染病1693例，占確定病例總數77.6%，前三位依序為結核病974例、梅毒483例、淋病118例。其他及指定傳染病，則以HIV感染137例居首。
急性傳染病境外移入確定病例9月份共22例，依序為登革熱11例（越南6例、馬來西亞2例、菲律賓、印尼及印度各1例）；桿菌性痢疾4例（中國大陸3例、印尼1例）；瘧疾2例（幾內亞、布吉納法索）；傷寒2例（均為印尼）；阿米巴性痢疾1例（印尼）；副傷寒1例（印尼）；急性病毒性A型肝炎1例（泰國）。今年1-9月累計之急性傳染病境外移入確定病例數，前三位依序為登革熱115例、阿米巴性痢疾43例及桿菌性痢疾38例。
若以9月份各傳染病確定病例數與前三年同期確定病例平均數比較，超出前三年平均值之疾病則分別如下：桿菌性痢疾、瘧疾、登革熱、侵襲性B型嗜血桿菌感染症、腮腺炎、後天免疫缺乏症候群、梅毒、急性病毒性C型肝炎。
若以今年1-9月份各傳染病確定病例數與前三年同期累計確定病例平均數比較，超出前三年平均值之疾病則分別如下：阿米巴性痢疾、登革熱、登革出血熱/登革休克症候群、日本腦炎、恙蟲病、先天性德國麻疹症候群、麻疹、流感併發重症、百日咳、侵襲性B型嗜血桿菌感染症、德國麻疹、腮腺炎、後天免疫缺乏症候群、梅毒、急性病毒性C型肝炎、急性病毒性肝炎未定型、癩病。