依據衛生署疾病管制局監測資料顯示，自八月下旬以來，定點醫師通報疑似腸病毒感染病例數有上升的趨勢，可能與開學後，學童間互動頻繁，因而提高腸病毒感染機會有關。每年春末到秋季，為腸病毒感染症的流行期，從歷年監測資料可發現，病例數自三月下旬起開始上升，於五月間達到高峰，其後逐漸下降，九月份時再度出現小幅上升，亦反映上述現象。由於定點醫師通報病例數上升僅表示腸病毒輕症患者增多，但監測資料顯示重症患者並未隨之增多，故民眾不必因此過度恐慌，惟目前仍是腸病毒感染症的好發季節，家中有嬰幼童的民眾仍要小心防範。
腸病毒於環境中分布甚廣，多數人感染後沒有症狀，或僅有類似一般感冒的輕微症狀，但嬰幼童（尤其三歲以下）感染後，併發腦炎、類小兒麻痺症候群或肺水腫等嚴重症狀的比率較高，可能導致廣泛性的中樞神經傷害及後遺症，甚至死亡。要預防腸病毒感染，除了注意個人衛生及環境衛生，不要與疑似病患接觸，且注意營養、均衡飲食、睡眠充足及養成規律的運動習慣，以增強個人的免疫力外，特別是教保育人員及家中有嬰幼童的家長，更要注意自身及其他較大孩童的衛生，尤其自外面回家時，在摟抱、親吻或餵食幼兒前，務必更衣洗手，以避免將病毒傳染給免疫系統尚未發展成熟的嬰幼童。
該局特別提醒民眾，由於腸病毒感染併發重症之病程發展相當迅速，因此，若經醫師診斷感染腸病毒，要注意觀察病童是否出現腸病毒感染併發重症的前兆病徵，如有嗜睡、意識不清、活力不佳、手腳無力、肌躍型抽搐（類似受到驚嚇的突發性全身肌肉收縮動作）、持續嘔吐、持續發燒、煩躁不安、昏迷、頸部僵硬、肢體麻痺、抽搐、呼吸急促、心跳加快或心律不整等疑似腸病毒重症症狀時，請務必立即就醫，儘速接受適當的治療。由於目前尚為腸病毒流行期，即使病童未出現典型手足口症或疱疹性咽峽炎，但若出現上述重症前兆病徵，家長仍應提高警覺，臨床醫師若發現病童有上述症狀時，尤應特別留意，立即採取有效治療措施。
本年截至10月5日止，腸病毒感染併發重症確定病例共有29例（死亡4例），疫情相較去年略為平緩（去年同期確定病例63例，死亡6例）。若您需要更多有關腸病毒之防治資訊，可至該局網站http://www.cdc.gov.tw之「腸病毒資訊」內查詢，另本年已出現腸病毒感染併發重症確定病例或檢出腸病毒71型的地區（鄉、鎮、市、區）計有88個，詳細資料業已定期公布於「腸病毒資訊╱醫護及教保育人員專區」內，提供各縣市因應腸病毒疫情辦理停課時之參考。