只有具感染症的NDM-1腸道菌的人，才需使用抗生素治療。治療時，應考慮帶有NDM-1基因的腸道菌對多種抗生素具抗藥性，尤其對通常被視為治療多重抗藥性腸道菌最後一線抗生素的carbapenem。治療方式應遵照醫師指示，依處方開立的劑量及時間使用。