入夏後台灣地區本土登革熱疫情，感染人數不斷增加，衛生署疾病管制局預測未來登革熱每週平均增加41例病例，至10月分第1週（10/1-7）時，本土性登革熱確定病例將逾300例，為有效控制疫情，行政院依據傳染病防治法第17條規定，決定於10月2日成立登革熱中央流行疫情指揮中心，統籌督導防治作為。
衛生署侯署長勝茂奉行政院院長之命擔任指揮官，並由環保署張署長國龍協同指揮。兩署副署長陳再晉及張子敬，將奉指揮官之命不定期南下督導。另外，前進指揮所指揮官則由疾病管制局副局長施文儀擔任，進駐南部指揮及督導第一線防疫工作之執行，以達到承上啟下指揮整體作戰。
衛生署對登革熱防治工作相當重視，年初已提撥新臺幣約四千餘萬元至南部登革熱發生高危險縣市，作為人力僱用及孳生源清除相關費用。入夏發生本土登革熱疫情後，該署陸續投注防治經費一千餘萬元於高雄縣市，經過三個多月來地方各單位之努力，雖然疫情並未能完全控制，然相較於91年疫情的發展，可以明顯看出相關防治作為，確實延緩疫情擴散。目前預計將再投入三千萬元的防治經費，並且調派30位病媒防治、流行病學及醫療專家進駐南部擴大機動防疫隊規模，來協助相關防治措施。
該署重申，防疫是全民運動，大家應該捐棄本位，在政府全心投入登革熱防治工作同時，更需要民眾共同參與並做好自我保護，以共同杜絕登革熱之蔓延，有效控制疫情。