因應流感流行季，疾病管制局召開2006-2007流感流行季之流感監測及預測專家會議，特別呼籲民眾「發燒不上班、不上學」，符合接種條件的民眾踴躍接種流感疫苗，一般民眾請注意個人衛生，如有感冒咳嗽請戴口罩，就醫後宜請假在家休息，並避免攜帶幼兒出入空氣不流通之公共場所，以防感染流感引起肺炎、腦炎等嚴重併發症。
繼出現2006-2007年流感流行季首例流感重症死亡病例後，該局陸續接獲多所國中、小通報類流感群聚事件，檢驗均證實多為B型流感。2006-2007年流感流行季共通報流感重症通報/確定/死亡/待審/排除病例數為68/13/1/15/40例，13例流感重症確定個案，其主要症狀為急性發燒、咳嗽、肌肉酸痛及肺炎等，部分確定病例合併有腦炎與腦病變；症狀通報系統共通報類流感群聚事件39件（通報個案數468人）；學校傳染病監測系統資料亦顯示，學童類流感罹病率，已連續8週高於預值警（0.479%）；另依定點醫師監測系統資料顯示，已連續5週高於警戒值（3.68%），但本週較前1週減少1.4%，未來流感疫情發展疾病管制局仍持續監控中。
依國家流感中心病毒分離結果顯示，近4週以B型馬來西亞株（Malaysia/2506/2004）流感病毒為主，與世界衛生組織(WHO)今年針對北半球建議之流感疫苗株相符。依該局分析國內20萬名民眾流感疫苗接種情形發現，接種者比未接種者可減少40%因肺炎或流感住院的機率，也可減少24%因慢性呼吸道疾病住院的機率。
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