95年7月5日是我國自SARS疫區除名三週年的紀念日，「國家流感中心」特別選在這一天假疾病管制局昆陽辦公室正式揭牌?用，除了有記取當年SARS戰役的教訓以外，更彰顯我國因應流感大流行的決心。
國家流感中心主要任務包括：一、整合全國流感病毒的監測、通報及實驗室分析資料，提供完備的疫情資訊。二、監測新型流行性感冒病毒及病毒抗原變異性趨勢，提供流感疫苗株選擇的參考。三、製備台灣本土流感病毒株抗體，以利病毒診斷及分型。四、每年於流感季節期間，以中英文發行台灣地區流感疫情週報(流感速訊)，供國內外相關機構參考。五、提供國內外各流感實驗室相互交流的平台。
我國自1979年起，即定期將所分離之流感病毒株提供給世界衛生組織(WHO)，使台灣地區成為全球流感病毒監測體系的一環。1986年分離之A/Taiwan/1/86 病毒株，被WHO選為當年的疫苗株。而在今年的疫苗株選取會議中，我國流感病毒分離株A/Taiwan/567/2005亦被列為全球參考病毒株之一，這些成果顯示我國對於流感病毒的鑑別診斷能力已為WHO所肯定。緣此，今年年初疾病管制局曾積極爭取，希望成為WHO國家流感中心的一員（目前全球計有83個國家設立經WHO認可的112個國家流感中心及4個參考實驗室），惟因受限於我國並非WHO會員國，故未能如願。但疾病防治無關政治，我們也不能自外於全球防疫體系；因此，我們仍將持續提供WHO相關資料，善盡身為地球村一份子的責任與義務。
雖然我國目前仍為高病原性禽流感的清淨區，但新型流行性感冒大流行隨時可能降臨，惟有事先做好防範措施，及早監測、及早因應，才能將災難降到最低，這也是成立國家流感中心最主要的目的與意義。