因應流感大流行準備是衛生署積極辦理的工作，然各縣市的準備亦不可或缺。衛生署疾病管制局特於11月18日至19日辦理「縣市政府流感大流行準備計畫觀摩會」，希望藉由各縣市間的經驗分享與討論，評估自身準備狀況，讓現有的計畫更臻完善。
疾病管制局表示，各縣市政府均積極配合本次觀摩會，另包括農委會、內政部、海巡署等九個部會亦共襄盛舉，共計約180人參與。會中達成的重要決議包括：

1. 流感大流行影響的層面廣及衛生醫療、社會與經濟層面，故跨部門動員機制的建立非常重要，所幸各縣市對此均有認知，且多數縣市的指揮官為副縣(市)長以上層級。
2. 如何讓大眾對新型流行性感冒有正確認知，避免不必要的恐慌，是目前所要面對的重要課題。雖相關的宣導材料與管道均有規劃，但未來應與社區內民間團體結合，以強化民眾社區防疫之配合度。
3. 多數縣市已具備醫療機構、人力配置的雛形；但若流感大流行發生，必定會有相當數量病患需要收治，各縣市目前初步擇定大型收治場所的地點，但屆時收治場所之流程、動線、設備與環境等方面的配合仍需再加強演練及規劃。
4. 疾病管制局已設置多元的監視系統，可迅速偵測到異常疫情；如發現具類流感症狀及流行病學相關的病例，地方政府均有處理的能力；另農委會與地方政府對於養禽場之分布均有掌握，如有動物流感疫情發生，可立即進行相關人員的健康管理。

疾病管制局表示，現階段的動物疫情與人類病例都侷限在國外，且H5N1病毒也尚未完全適應人體，並不會在人與人間輕易傳播。然農委會、衛生署等中央部會以及各縣市政府對於流感大流行的危機均不敢忽視，現階段正努力掌握時機進行因應。除所有縣市都完成個別的計畫外，最近流感疫苗接種計畫、院內感染管制查核也正如火如荼地進行，相關演習更不斷地辦理。台灣的準備絕對走在世界的先端，請民眾一定要對政府有信心，除保持個人衛生習慣外，未來應注意政府所公布的疫情等級，屆時配合政府所要求的防治措施。