全球流感大流行因應準備的重點，在近日已由藥物準備逐漸轉為疫苗儲備，我國已完成「徵求民間自行規劃申請疾病管制局流感疫苗自製計畫BOO案」規劃，預計2008年底完成1600萬劑產能之疫苗廠，將為第一座於國內生產且具有產製國內本土病毒株疫苗能力之流感疫苗廠。
本局「徵求民間自行規劃申請疾病管制局流感疫苗自製計畫BOO案」之政策公告，已於94年11月18日經行政院經濟建設委員會審議原則通過，並訂於94年11月28日召開本案廠商說明會。未來該廠須達到一年至少1600萬劑之一般三價流感疫苗生產量之規模，且於新型流行性感冒大流行發生時，可於3個月內有償提供至少涵蓋台灣四分之一人口以上之疫苗。政府承諾在流感疫苗取得上市許可並開始生產後，一年保證採購至少250萬劑之流感疫苗，共計採購十年。本案預計於明（95）年初完成招商簽約，96年底前完成建廠，97年底前營運生產。
全世界疫苗工廠產能不足問題，在遇到全球流感大流行威脅時，更突顯此一嚴重性，目前世界各國都在加強疫苗生產量能得提升，包括美國布希總統宣布投資40億元於疫苗研製；鄰近之韓國也在11月初的世界衛生組織禽流感防治會議中，亦宣佈將在2008年完成一座1500萬劑產能的疫苗廠；新加坡也正在考慮自行生產疫苗。故為避免傳染病疫情流行時，因國內未有自製生產疫苗工廠，而各國為求自保，限制疫苗輸出，屆時我們將面臨有錢也買不到疫苗之窘境，基於保障國家安全及民眾健康，且不願成為世界其他國家負擔，我國應有疫苗製造工廠，具備疫苗自製能力。
為紓解政府財政壓力，且疫苗製造之專業技術原即存在於民間，故為促進民間經營資源與經驗之運用，並考量疫苗產業長期發展，本局流感疫苗自製計畫規劃特採促進民間參與公共建設法以BOO方式辦理，藏富於民善用民間資源更能讓計畫持久且長遠。