自「後天免疫缺乏症候群防治條例」第七條修正條文公布後，衛生署依法編列公務預算支應後天免疫缺乏症候群（愛滋）之檢驗及治療費用，有關委任中央健康保險局辦理部分，排除於全民健康保險醫療給付費用總額以外，不會隨總額波動造成給付貶值，目前依「全民健康保險醫療費用支付標準」採一點一元給付；另無健保部份則由衛生署疾病管制局受理醫療費用之申報。相關措施將使醫院間流傳治療越多虧損越多的傳言不再，讓治療愛滋病不再是醫院財政的燙手山芋，對於衛生單位推動愛滋病防治工作無疑是一大助力。
邇來部分愛滋病毒感染者反應，南部某愛滋病指定醫院無法提供完整之愛滋病治療藥物，造成就醫權益受損，衍生服藥遵從性降低及產生抗藥性等問題，本局已發函通知該院，請其說明原委並限期改善，如未改善將予以取消指定。
檢附目前衛生署公告之（藥癮）愛滋病指定醫院與各衛生局名單，倘若民眾就醫時遭拒或接受不公平之對待，可逕向所轄衛生局反應，將依法嚴懲絕不寬貸。另衛生署將陸續公告（藥癮）
愛滋病指定醫院，以擴大愛滋病治療及防治之醫療網絡。