愛滋感染者醫療費用僅限於愛滋開始服藥二年內由疾管署公費支應，開始服藥二年後之醫療費用，則由健保給付。而公務預算的支付基準均爰用全民健康保險相關規範，所以有關掛號費、膳食費、病房差價、診斷書，以及自費的項目等，均不屬於醫療費用，是沒有補助的。另外，不是因愛滋病就醫的疾病，則與一般民眾一樣，必須以健保卡就診，民眾需自付部分負擔。

民眾可前往本署全球資訊網https://www.cdc.gov.tw之首頁/傳染病與防疫專題/傳染病介紹/第三類法定傳染病/人類免疫缺乏病毒感染/治療照護項下之愛滋感染者自確診開始服藥二年後之醫療費用回歸健保給付案問答集(民眾篇) 下載。

在良好的追蹤及治療下，愛滋感染已可控制如其他慢性疾病，與高血壓、糖尿病等常見疾病相同。基於疾病平權平責，醫療照護不應依疾病別而給予特殊化待遇，因此愛滋治療納入健保，有助於感染者的去標籤化、去汙名化。

若感染者當次住院之診斷為其他醫療問題，非愛滋病相關因素(如伺機性感染等)，本署不支付部分負擔，相關醫療費用及部分負擔依健保相關規定辦理。

1.依據「人類免疫缺乏病毒及感染者權益保障條例」第16條規定，自2017年2月4日起，感染者確診通報後，開始服藥2年內之醫療費用由疾管署支付，2年後則由健保給付。
2.非本國籍感染者醫療費用之支付說明如下：
(1)服藥2年內的非本國籍感染者，依「人類免疫缺乏病毒感染者治療費用補助辦法」第3條，符合下列資格之合法居留者，由疾管署補助其治療費用，未符合者則需自行負擔：
a.外籍（含大陸地區、香港、澳門）配偶。
b.泰緬專案及滯臺藏族人士。
c.於我國醫療過程中感染之外籍人士。
(2)服藥2年後之非本國籍感染者，若符合「全民健康保險法」第9條規定，具有健保身分者，由健保給付。
 

1. 外籍人士受聘在台工作，或因就學等因素申請在台居留，並合法居留六個月以上，才能享有健保；外籍人士愛滋感染者確診後應自費在國內開始服藥2年後，具健保身分者，其醫療費用由健保以慢性病照護模式給付。
2. 事實上，外籍感染者來台免費治療愛滋，必須通過5道關卡，包括：
　(1)受聘在台工作，或獲得合法居留身分。
　(2)取得居留證明文件需居留滿6個月。
　(3)愛滋感染被通報列管。
　(4)開始治療的前2年自付藥費，一年約20萬元。
　(5)在台有就醫治療紀錄等，才能獲得健保給付。
3. 依「全民健康保險法」第1條規定，全民健保為強制性之社會保險，於保險對象在保險有效期間，發生疾病、傷害、生育事故時，依健保法規定給付。外籍人士除非是受聘來台工作，否則需領有居留證明文件且在台居留滿六個月，才能享有健保。若申請居留原因不存在，自然不能參加全民健保。
 

1. 外籍人士若感染愛滋，須先經愛滋病指定醫院確診(或提供母國確診之證明文件)，並通報衛生主管機關，若具健保身分，於台灣開始自費服用愛滋治療藥物滿2年後，愛滋醫療費用由健保給付。
2. 由於非屬疾管署補助對象之外籍人士在台治療愛滋之費用，前2年之醫療費用不提供補助，每年治療費用約為新台幣20萬元，建議於來台前先於母國接受愛滋檢驗，了解自身健康狀況，並在母國開始治療。欲來台工作者，請先行購買醫療保險，以免造成個人財務負擔。
3. 外籍人士來台後，可自行至醫院進行愛滋檢驗，了解自身感染狀況，傳染病諮詢電話為0800-001922 (亦可直撥1922)。

1. 外籍人士受聘在台工作，或因就學等因素申請在台居留，並合法居留六個月以上，才能享有健保；外籍愛滋感染者確診後應自費在國內開始服藥，服藥2年後，具健保身分者，其醫療費用才由健保以慢性病照護模式給付。
2. 依據疾管署2020年資料，外籍感染者多數已經離境，目前仍在國內且持續追蹤中之外籍感染者人數為392人，其中71人已自費服藥滿2年並具有健保身分。

由於愛滋傳染途徑主要透過不安全性行為，一般工作生活之接觸，沒有傳染愛滋之虞，故因應世界衛生組織疾病控制及國際人權趨勢，已不予強制遣返出境。