完成流感疫苗接種（未滿9歲首次接種幼兒為接種第2劑），至少約2週後產生保護力。

由於流感病毒極易產生變異，幾乎每年流行的病毒株都會稍有不同，原施打疫苗對不同抗原型之病毒保護效果減低，即使病毒未發生變異，疫苗成分相同，接種4-6個月後保護效果即可能下降，保護力一般不超過1年，因此建議每年均須接種1次，是全球一致性的作法。

根據國外文獻，流感疫苗之保護力因年齡或身體狀況不同而異，平均約可達30-80%。對18歲以上成人因確診流感而住院的保護力約有41%，入住加護病房的流感重症保護力則可達82%。6個月至未滿18歲兒童青少年族群接種流感疫苗之保護力與成人相仿。此外，疫苗保護效果亦需視當年疫苗株與實際流行的病毒株型別是否相符，一般保護力會隨病毒型別差異加大而降低。

依國際文獻指出，當疫苗株吻合時保護力約為40-60%，疫苗株不吻合時平均估計保護力約為30-50%。因此，即使流感疫苗株與流行型別不吻合，接種流感疫苗仍能提供一定程度的保護力，為維護自身及家人的健康，仍建議民眾每年均接種疫苗。

流感疫苗是不活化疫苗，接種後不會造成流感感染。接種季節性流感疫苗後48小時內如有發燒反應，應告知醫師曾經接種過流感疫苗，作為診斷參考。接種48小時後仍然持續發燒時，應考慮是否另有其他感染或引起發燒的原因。

普通感冒的致病原是多達數百種不同的病毒，流感則是由流感病毒引起的急性呼吸道傳染病，兩者並不相同，因此流感疫苗並不能預防感冒；流感疫苗所包含之病毒株僅包含目前最常流行之病毒型別，加以病毒易突變特性，故於接種流感疫苗後，仍有可能感染其他型別流感。
另外，個人接種流感疫苗後產生之保護效果亦有個別差異，故少數人也有可能在保護力不足的情形下感染流感。

不論是公費或是自費流感疫苗，均需符合我國衛生福利部食品藥物管理署查驗登記規定，並取得許可證照，且每批疫苗均經檢驗合格，因此對於流感的保護效果是一樣的。

不管國產還是進口疫苗，其產生的保護效果是一樣的。今年政府採購之疫苗係由4家廠商供應，其中2家為進口疫苗，2家為國內製造。流感疫苗之疫苗株選擇，均依照世界衛生組織針對雞胚胎蛋培養疫苗及細胞培養疫苗建議，具有全球一致性且抗原性相同，並於國內具一致性檢驗標準。

流感是藉由飛沫或接觸傳染，當接種率提升使群體免疫達到一定程度時，可能部分阻斷或減緩疾病的傳播；惟群體免疫是需要時間累積，接種率達到一定程度才會產生之效益，且主要是減緩疾病傳播，並無法降低個人感染風險，故針對流感高風險族群者，仍建議自身接種疫苗。