本署最高首長為署長,下有副署長與主任秘書,本署設有5個行政單位包含秘書室、人事室、政風室、主計室、資訊室,及8個業務單位包含企劃組、急性傳染病組、慢性傳染病組、新興傳染病整備組、感染管制及生物安全組、檢疫組、檢驗及疫苗研製中心、疫情中心,2個任務編組單位包含公關室、預防醫學辦公室,與全台6個各區管制中心包含台北區管制中心、北區管制中心、中區管制中心、南區管制中心、高屏區管制中心、東區管制中心。

單位組織


本署組織架構
  • 疾病管制署 署長
  • 疾病管制署 副署長
  • 主任秘書

業務單位

  • 企劃組
  • 感染管制及生物安全組
  • 急性傳染病組
  • 慢性傳染病組
  • 新興傳染病整備組
  • 檢疫組
  • 疫情中心
  • 檢驗及疫苗研製中心

任務編組

  • 公關室
  • 預防醫學辦公室

各區管制中心

  • 臺北區管制中心
  • 北區管制中心
  • 中區管制中心
  • 南區管制中心
  • 高屏區管制中心
  • 東區管制中心

行政單位

  • 秘書室
  • 人事室
  • 政風室
  • 主計室
  • 資訊室

業務職掌