掌理事項如下：

一、傳染病防治政策與科技發展之規劃、推動及相關法規之研擬。

二、防疫人員教育訓練之規劃及推動。。

三、國際與兩岸防疫技術合作之規劃及推動。

四、其他有關法制、企劃、研究考核、科技發展及國際合作事項。

掌理事項如下：

一、醫療照護相關感染管制政策與通報系統之規劃、建置及執行。

二、抗生素抗藥性管理政策與通報系統之規劃、建置及執行。

三、傳染病實驗室生物安全政策與系統管理之規劃、建置及執行。

四、感染管制及生物安全之研究發展。

五、其他有關感染管制及生物安全事項

掌理事項如下：

一、腸道傳染病防治政策之規劃及推動。

二、病媒傳染病防治政策之規劃及推動。

三、急性呼吸道傳染病防治政策之規劃及推動。

四、國家預防接種政策之規劃及推動。

五、急性傳染病之研究發展。

六、其他有關急性傳染病防治事項。

掌理事項如下：

一、愛滋病與結核病防治政策之規劃及推動。

二、愛滋病與結核病疫情之研判及處理。

三、漢生病防治政策之規劃及推動。

四、性傳染病防治政策之規劃及推動。

五、慢性傳染病之研究發展。

六、其他有關慢性傳染病防治事項。

掌理事項如下：

一、新興傳染病防治政策之規劃及推動。

二、生物病原災害應變整備政策之規劃及推動。

三、防疫物資整備政策之規劃及推動。

四、傳染病防治醫療網之規劃及推動。

五、新興傳染病之研究發展。

六、其他有關新興傳染病整備事項。

掌理事項如下：

一、檢疫政策之規劃及推動。

二、境外防疫與國際旅遊醫學之規劃及推動。

三、外籍人士健康管理政策之規劃及推動。

四、檢疫之研究發展。

五、其他有關檢疫事項。

掌理事項如下：

一、國內外傳染病疫情之監測蒐集、分析研判、報告及警訊發布。

二、傳染病通報系統之規劃、建置及執行。

三、民意、輿情之監測及回應。

四、疫情資料之加值應用。

五、傳染病流行病學專業人員之培訓。

六、疫情監測之研究發展。

七、其他有關疫情監測事項。

掌理事項如下：

一、傳染病之檢驗、血清疫苗製造政策之規劃及執行。

二、傳染病檢驗基準之訂定、檢驗人員之培訓、檢驗技術之研發及技術移轉。

三、生物材料庫與病原體基因資料庫之建立、分析及應用。

四、傳染病檢驗機構之指定、委託與認可、實驗室生物安全、品質保證規範之規劃及執行。

五、血清疫苗之製造、銷售及廠房管理。

六、其他有關檢驗及疫苗研製事項。

掌理事項如下：

一、傳染病防治衛教宣導之規劃。

二、新聞媒體溝通事項。

三、蒐集及運用民眾回饋意見。

四、本署形象行銷事宜。

五、防疫衛生教育宣導之規劃及執行。

掌理事項如下：

一、防疫醫師及流行病學人才之培訓並提供旅遊醫學等專業諮詢。

二、特殊傳染病個案或群聚案件之調查分析。

三、特殊傳染病病歷審查及申請用藥之審查。

四、更多訊息請點：衛生調查訓練班(FETP)

檢疫業務

一、國際港埠航空器、船舶檢疫措施及工作人員(含船員)、旅客等港埠傳染病衛教宣導事項。

二、辦理各項檢疫規費徵收、檢疫憑證簽發事項及國際預防接種暨簽發國際預防接種證明書與疫苗儲存管理事項。

三、國際港埠港區衛生管理與管制作業暨入出境屍體查驗、簽證事項；及感染性生物材料輸出入申請審查行政作業。

四、國際港埠衛生安全小組運作及相關業務協調事項。

防疫業務

一、督導轄區地方衛生機關辦理傳染病防治、防疫物資管理及衛教宣導事項。

二、輔導轄區地方衛生機關執行傳染病疫情之監測、蒐集、調查及報告事項。

三、轄區定點監視系統及傳染病通報系統資料之蒐集、調查、聯繫、採檢、送驗及處理事項。

四、處理轄區疫病突發流行之應變及處理事項。

五、轄管區域：臺北市、新北市、基隆市、宜蘭縣、連江縣、金門縣。

檢疫業務

一、國際港埠航空器、船舶檢疫措施及工作人員(含船員)、旅客等港埠傳染病衛教宣導事項。

二、辦理各項檢疫規費徵收、檢疫憑證簽發事項及國際預防接種暨簽發國際預防接種證明書與疫苗儲存管理事項。

三、國際港埠港區衛生管理與管制作業暨入出境屍體查驗、簽證事項；及感染性生物材料輸出入申請審查行政作業。

四、國際港埠衛生安全小組運作及相關業務協調事項。

防疫業務

一、督導轄區地方衛生機關辦理傳染病防治、防疫物資管理及衛教宣導事項。

二、輔導轄區地方衛生機關執行傳染病疫情之監測、蒐集、調查及報告事項。

三、轄區定點監視系統及傳染病通報系統資料之蒐集、調查、聯繫、採檢、送驗及處理事項。

四、處理轄區疫病突發流行之應變及處理事項。

五、轄管區域：桃園市、新竹市、新竹縣、苗栗縣。

檢疫業務

一、國際港埠航空器、船舶檢疫措施及工作人員(含船員)、旅客等港埠傳染病衛教宣導事項。

二、辦理各項檢疫規費徵收、檢疫憑證簽發事項及國際預防接種暨簽發國際預防接種證明書與疫苗儲存管理事項。

三、國際港埠港區衛生管理與管制作業暨入出境屍體查驗、簽證事項；及感染性生物材料輸出入申請審查行政作業。

四、國際港埠衛生安全小組運作及相關業務協調事項。

防疫業務

一、督導轄區地方衛生機關辦理傳染病防治、防疫物資管理及衛教宣導事項。

二、輔導轄區地方衛生機關執行傳染病疫情之監測、蒐集、調查及報告事項。

三、轄區定點監視系統及傳染病通報系統資料之蒐集、調查、聯繫、採檢、送驗及處理事項。

四、處理轄區疫病突發流行之應變及處理事項。

五、轄管區域：臺中市、彰化縣、南投縣。

檢疫業務

一、國際港埠航空器、船舶檢疫措施及工作人員(含船員)、旅客等港埠傳染病衛教宣導事項。

二、辦理各項檢疫規費徵收、檢疫憑證簽發事項及國際預防接種暨簽發國際預防接種證明書與疫苗儲存管理事項。

三、國際港埠港區衛生管理與管制作業暨入出境屍體查驗、簽證事項；及感染性生物材料輸出入申請審查行政作業。

四、國際港埠衛生安全小組運作及相關業務協調事項。

防疫業務

一、督導轄區地方衛生機關辦理傳染病防治、防疫物資管理及衛教宣導事項。

二、輔導轄區地方衛生機關執行傳染病疫情之監測、蒐集、調查及報告事項。

三、轄區定點監視系統及傳染病通報系統資料之蒐集、調查、聯繫、採檢、送驗及處理事項。

四、處理轄區疫病突發流行之應變及處理事項。

五、轄管區域：雲林縣、嘉義市、嘉義縣、臺南市。

檢疫業務

一、國際港埠航空器、船舶檢疫措施及工作人員(含船員)、旅客等港埠傳染病衛教宣導事項。

二、辦理各項檢疫規費徵收、檢疫憑證簽發事項及國際預防接種暨簽發國際預防接種證明書與疫苗儲存管理事項。

三、國際港埠港區衛生管理與管制作業暨入出境屍體查驗、簽證事項；及感染性生物材料輸出入申請審查行政作業。

四、國際港埠衛生安全小組運作及相關業務協調事項。

防疫業務

一、督導轄區地方衛生機關辦理傳染病防治、防疫物資管理及衛教宣導事項。

二、輔導轄區地方衛生機關執行傳染病疫情之監測、蒐集、調查及報告事項。

三、轄區定點監視系統及傳染病通報系統資料之蒐集、調查、聯繫、採檢、送驗及處理事項。

四、處理轄區疫病突發流行之應變及處理事項。

五、轄管區域：高雄市、屏東縣、澎湖縣。

檢疫業務

一、國際港埠航空器、船舶檢疫措施及工作人員(含船員)、旅客等港埠傳染病衛教宣導事項。

二、辦理各項檢疫規費徵收、檢疫憑證簽發事項及國際預防接種暨簽發國際預防接種證明書與疫苗儲存管理事項。

三、國際港埠港區衛生管理與管制作業暨入出境屍體查驗、簽證事項；及感染性生物材料輸出入申請審查行政作業。

四、國際港埠衛生安全小組運作及相關業務協調事項。

防疫業務

一、督導轄區地方衛生機關辦理傳染病防治、防疫物資管理及衛教宣導事項。

二、輔導轄區地方衛生機關執行傳染病疫情之監測、蒐集、調查及報告事項。

三、轄區定點監視系統及傳染病通報系統資料之蒐集、調查、聯繫、採檢、送驗及處理事項。

四、處理轄區疫病突發流行之應變及處理事項。

五、轄管區域：花蓮縣、臺東縣、綠島、蘭嶼。