有關某專家於5月7日投書某報「兩岸醫藥合作之檢討與建言」一文指出「去年大陸爆發H7N9，我方無論是請求疫情資訊、派員及菌株取得等，陸方皆未回應...。」，疾病管制署說明如下：
　　海峽兩岸醫藥衛生合作協議自100年6月生效後，疾管署與陸方即建立聯絡窗口，就傳染病疫情資訊交換、疫情通報、疫情處置等合作交流事宜相互聯繫，去(102)年中國大陸國家衛生和計畫生育委員會於3月31日揭露人感染H7N9禽流感病毒時，陸方聯繫窗口當日即向我方通報此一重大疫情資訊，而且自3月31日起，兩岸雙方聯繫窗口必要時即透過電話、電子郵件或傳真進行相互查證，取得疫情最新資訊。
　　另為了解中國大陸H7N9流感監測、疫情調查、病患診治、院感處理情形及建立病毒檢驗方法，疾管署依海峽兩岸醫藥衛生合作協議指派二名防疫專家赴上海實地瞭解疫情狀況及防治政策，且向中國大陸提出H7N9病毒株分讓之要求，亦獲其同意提供並已運送抵台。
　　綜上，中國大陸於去年爆發H7N9疫情以來，兩岸雙方密切進行疫情監測資訊交換等傳染病防治交流合作，疾管署將持續秉持虛心的態度接受各界指教。