集行動力、整合力、創造力三位一體之「國家衛生指揮中心」(National Health Command Center, NHCC)將於九十四年一月十八上午十點於疾病管制局七樓正式開幕啟用，會中除介紹中心之軟、硬體設施，更透過實際模擬演練，呈現指揮中心之資訊整合與調度功能，讓我國防疫救災體系應用先進的科技技術、暢通的交換機制及完整的資訊平台，準確有系統地執行疫情與災害應變工作，全心守護人民的安全與健康。
        「國家衛生指揮中心」結合了中央流行疫情指揮中心、生物病原災害中央災害應變中心、反生物恐怖攻擊指揮中心及中央緊急醫療災難應變中心等功能，以地方、區域、中央三層式之規劃，做為中心整體運作與指揮之模式，共同架構完整的防災啟動機制。
        2003年SARS肆虐全球，衝擊台灣，並嚴酷地考驗我政府機關在防疫動員時的危機處理能力，當時行政院任命李前署長明亮擔任總指揮官，假疾病管制局地下一樓成立臨時指揮中心，發揮資訊整合、意見溝通及政策協調功能，有鑑於當時指揮中心係一臨時運作組織，防疫視同作戰，作戰首重戰略之決策及指令之傳達，在面對未來未知疫病的挑戰，更突顯出建置一個常設性國家衛生指揮中心的必要性，以作為中央與區域、地方直接聯繫的作戰指揮據點。為此，本署依據傳染病防治法第十七條：「中央主管機關經考量流行疫情嚴重程度，認有統籌各種資源、設備及整合相關機關（構）人員之必要時，得報請行政院同意成立中央流行疫情指揮中心，並指定人員擔任指揮官」規定，於九十三年五月十日報院申請，同年八月十六日奉院同意，更於2003年11月由陳署長親自參訪美國衛生部指揮中心（SCC）後，即請疾病管制局儘速成立相關工作小組，歷經規劃、設計及興建，僅短短二、三個月工程，終於於九十三年十二月底完工。希冀藉由完善的軟硬體功能與暢通的聯絡通訊系統，建構完整資訊平台，以提供決策者完整的災情及資源訊息。
        「國家衛生指揮中心」建置於疾病管制局七樓，其內設有協調指揮中心、戰情中心、指揮官室、主任室、幕僚討論室、媒體訊息室，並擁有完整視訊會議、媒體接收與衛星通訊系統等高科技設備及暢通的網路環境，著重功能性與協調性的建立與運作，未來將視防災工作需求，結合跨部會的力量，期以發揮指揮中心最大的指揮動能與效能。
        防疫救災是一場資訊的戰爭，在這個全民防疫的時代裡，我們期許能有效掌握、整合即時的災情資訊，準確有系統地執行疫情與災害應變工作，全心全意守護人民的安全與健康。