由於一般光學顯微鏡受到光波長的限制，使其解析力之極限僅約為0.2μ（1μ ＝10-６m），僅能觀察到少數的細菌，而無法看到大小介於10~300 nm（1nm ＝10-9m）之間的病毒，因此而有了電子顯微鏡的發明，使我們能直接觀察到病毒與細菌的形狀及構造，電子顯微鏡除了在微生物的檢驗上扮演著重要角色外，也滿足了人類永無止境探索未知世界的需求，而在面對生物恐怖攻擊與新興感染症可能發生的未來，電子顯微鏡依舊扮演無法取代的重要角色。
衛生署疾病管制局目前擁有2台不同功用的電子顯微鏡，其中掃瞄式電子顯微鏡可用於觀察微生物表面的立體構造，而穿透式電子顯微鏡則可觀察到微生物內部的細微構造。這2台電子顯微鏡平日即用於協助各類病原體（包括細菌、病毒及其他各類病媒等）的檢驗研究及確認工作，如2003年台灣的SARS疫情中，即經由該局之穿透式電子顯微鏡發現並拍攝到病原體照片。目前該局之電子顯微鏡室更積極發展磷鎢酸負染色法以及超薄切片等技術，且將傳統顯微攝影技術數位化，包括建立數位影像擷取系統及數位影像資料庫，以進一步建立國內第一套人類傳染病病原體電子顯微鏡影像圖譜，累積更多教育及研究資源，以提供即時防疫之需要。