因淹水地區環境容易受到化糞池及人畜等排泄物的污染，容易引發腸胃道傳染病的傳染，疾病管制局再次呼籲民眾千萬要注意防疫消毒及個人衛生。因此，住家在清理完成後及地下室在抽完積水後，要立刻進行消毒工作，民眾除可以自行購買漂白水進行消毒外，有關消毒所用的漂白水或漂白粉，可以向當地衛生局或衛生所連繫索取，如果地下室的範圍較廣，必要時也可以連繫衛生局所派員前往協助與支援消毒工作。

為充分達到消毒效果，地方衛生單位已提供簡易的消毒水稀釋方法說明單張，請民眾務必依照正確稀釋方法使用，太淡無法達到消毒的功效，太濃則浪費消毒藥品。目前因防疫消毒藥品需要量極大，民眾於清理消毒後若仍有剩餘消毒藥品，為免誤用或誤食，請勿存放在家，可送還至衛生所轉分發給其他需要的民眾使用，對裝有消毒藥品的瓶罐，亦請民眾配合，不要隨意丟棄，以免造成環境污染。

衛生署疾病管制局為預防災後傳染病發生，已與地方衛生局保持密切連繫，除已緊急撥款受災縣市衛生局購置消毒藥品、器材，儘速發放民眾進行環境消毒工作外，並隨時給予防疫人力及防疫藥品器材支援，有效防範疫情發生。

災後生活環境受到重大影響，民眾此時更應注意自身健康，除隨時洗手，飲水、食物切記要熟食，或飲用包裝水。在未復電前，準備食物適量即可，既無保存的問題，亦可以減少垃圾。民眾若有發燒、腹瀉等症狀，請儘速就醫，各醫療診所若有發現疑似傳染病個案，亦請儘速向衛生局所通報。同時該局亦提醒民眾，在清潔工作中，應避免進食，等到工作結束或告一段落後，一定要用乾淨的水洗手，擦乾後才可以吃東西或喝水，如果當地水源不是很充足，也要想辦法洗手，例如使用礦泉水洗手，以免將病菌或消毒藥品吃進肚子，造成身體上的傷害。