衛生署疾病管制局根據「防疫物資管理資訊系統(MIS)」指出，目前全國衛生醫療體系共庫存3,643,420片N95口罩，分別庫存於疾病管制局639,589片、各縣市衛生局967,153片及地區級以上醫院2,036,678片，若以96年底為屆效日期統計，共有197萬片。根據最近兩年的領用統計，在沒有特殊疫情的情形下，全國每年領用約100萬片N95口罩。
根據「行政院衛生署疾病管制局庫存防疫物資管理原則」規定：庫存防疫物資有效期限屆滿前三個月，實施抽驗。抽驗不合格者，降格使用或依程序報廢銷燬；檢驗合格者，得列為屆效物資。疾病管制局及各衛生局自去年第三季起，已分四批抽驗將過期的N95口罩，每次檢驗過濾效率均高於95%，且都在98%以上，而當年SARS期間所留下來的口罩，使用到現在也剩下不多。
衛生署疾病管制局為了避免SARS期間一罩難求的情形再度發生，上(四)月已透過中央信託局與七家廠商訂定N95口罩共同供應契約，有效期間兩年；未來若發生新型流行性感冒，國內將會有充足的N95口罩可以供應。但疾病管制局也強調，N95口罩是給醫護人員近距離接觸病人時防護用，一般民眾不要戴N95，因為N95口罩呼吸阻抗大，戴起來會有點呼吸困難，民眾盲目使用，有時會未蒙其利，先受其害。