疾病管制局自94年起開辦孕婦全面篩檢愛滋計畫，透過健保特約醫療院所提供20萬名孕婦愛滋病毒篩檢服務，每年發現約30名感染愛滋的孕婦，扣除選擇人工流產及出境個案，所追蹤的46名新生兒中，已成功地讓29名嬰兒免除感染，另15名個案持續追蹤中。 96年截至目前為止，共檢出7例個案，陽性率顯著低於去年同期。今年第45週新通報1例大陸籍經性行為感染個案，該案因未納入健保遲至懷孕35週才去產檢，並經篩檢發現感染愛滋病毒，錯失預防母子垂直感染的關鍵期，大幅增加胎兒受感染的風險。
為了避免新生兒愛滋感染，建議懷孕婦女在懷孕初期都應該要進行愛滋病毒篩檢，期能早期發現早期治療。只要是居住於我國境內之孕婦，含括外籍配偶，並且無論是否納保，懷孕期間均提供免費愛滋病毒篩檢乙次。若有產檢醫療費用之經濟考量，仍可透過衛生局免費檢驗管道進行篩檢。96年上半年度篩檢率據統計雖已達98%，然未納健保孕婦之篩檢執行率尚未臻理想，估計約有近1萬名孕婦未檢或拒檢。為避免漏網之魚，該局對今年度育齡期女性之新通報感染者，主動進行生育懷孕情形之訪查，發現10名個案為新近生產者，其中9名感染者於懷孕期間均未接受愛滋篩檢，另1名個案篩檢當時檢驗為陰性，但懷孕期仍從事注射毒品、性行為未使用保險套等高危險性之行為，產後經確認檢驗為感染者。
該局特別呼籲篩檢結果為陰性者，不能完全排除感染，可能處於空窗期，提醒感染高風險的孕婦（如有性病病史、從事性交易、使用非法藥物、懷孕期間仍多重性伴侶、孕婦的性伴侶是愛滋病毒感染者或有高危險行為等），建議於第三孕期再做一次篩檢。婦產科醫師如遇疑似高危險臨產婦，應獲取同意，執行快速篩檢，以及時提供適當醫療處置。我國女性感染愛滋佔總感染人數的比例急遽增加，未檢、拒檢孕婦將成為愛滋防治隱憂。經由早期篩檢感染愛滋病毒的孕婦，可以透過預防性投藥、選擇適當生產方式和使用母乳代替品等預防措施，將新生兒的感染機率由45%大幅下降至2%以下。