入夏南部地區發生本土疫情以來，截至11月13日止，總計本土確定病例1293例，所幸沒有造成死亡病例。10月份病例攀升快速，但疫情主要集中在台南縣市，疾病管制局呼籲民眾除配合政府的防疫措施外，更須主動每週清除孳生源，因清除孳生源為預防登革熱最根本方法，孳生源不僅是病媒蚊的孳生場所，也是噴藥時病媒蚊的庇護所。
依據東南亞登革熱疫情資料顯示，新加坡（7,540例）、柬埔寨（38,000例）、泰國（41,975例）及印尼（160,000例）等國家的登革熱疫情也相當嚴重，今年病例數均為去年的2倍以上。今年入夏後全國登革熱病例數雖已超過去年病例數，但疫情仍在可控制範圍內。
在疫情嚴峻情況下，雖已入秋，該局仍不敢有絲毫懈怠，迄今並已投入大量資源。除於疫情發生之初，立即調度具病媒專業之防疫工作人員進駐該局第四分局，組成機動防疫隊，執行孳生源清除查核、提報重大孳生源列管點及緊急噴藥指導等工作外，亦支援防疫物資，包括噴藥機具、殺蟲劑。同時也多次派遣該局噴藥專家至台南市辦理緊急噴藥工作成效評估及現場指導。在11月初，亦派遣流行病學專家前往台南市指導疫情調查及分析事宜。舉行全國運動會之前，該局協助製作防疫錦囊包，提供選手及相關人員使用，並進駐「現場防疫官」督導現場登革熱防治工作，至今未有登革熱病例。
今年罹患登革熱病例臨床症狀不典型，感染到登革熱之民眾並不自覺而到處活動，但叮咬病毒血症期患者之斑蚊，仍可能叮咬其他人，斑蚊飛行距離50至200公尺，易將登革熱快速傳播，因此疾管局籲請罹患登革熱民眾，應在家休息，除了保護自己亦保護他人的健康。防治登革熱除需中央與地方政府之各項防疫作為外，更需要社區及全體民眾之積極配合，落實孳生源清除才能達到防疫無死角的境界。如有相關諮詢，可撥打該局民眾通報及諮詢專線1922。