人類透過直接接觸受伊波拉病毒感染動物的血液、分泌物、器官或其他體液而感染，尤以破損皮膚接觸感染風險更大。伊波拉病毒不會經由水、蚊蟲叮咬傳播。在非洲地區，曾經發生因處理感染伊波拉病毒而生病或死亡的大猩猩、黑猩猩、果蝠、猴子、森林羚羊及豪豬等動物而感染的個案，因此應避免接觸這些高危險性動物，包含撿拾在森林中已死亡的動物或是處理牠們的生肉。

一旦人類因接觸感染伊波拉病毒的動物而受感染，此疾病可藉著人傳人方式於醫院或社區中擴散。人與人之傳染是因直接接觸到被感染者或其屍體之血液、分泌物、器官、精液，或是間接接觸被感染者體液污染的環境(例如衣服、床罩或針頭等)。若醫護人員未配戴適當的個人防護裝備（如手套等）照顧病患，則會造成院內感染。另葬禮儀式中直接接觸屍體，亦在疾病傳播中扮演重要角色。

經治療康復，且經醫護人員決定可以返家的人，就表示他們不會在社區傳播病毒。且經醫護人員決定可以返家的人，就表示他們不會在社區傳播病毒。