2003年SARS疫情突顯傳染病防治缺乏統籌跨部會資源指揮體系之問題與窘境，因此，由行政院成立跨部會之「行政院嚴重急性呼吸道症候群防治及紓困委員會」因應，中央災害防救會報於2003年5月26日將「生物病原災害」納入災害防救法第3條所稱之其他災害[1]。另疾病管制局（於2014年7月23日改制為疾病管制署）於2004年修訂傳染病防治法時明定，得依傳染病防治需求成立跨部會應變中心。之後2009年H1N1新型流感大流行及2013年H7N9大陸禽流感疫情，疾病管制局均依傳染病防治法成立中央流行疫情指揮中心，有效統籌部會資源因應疫情。本文係探討災害防救法與傳染病防治法對於因應傳染病疫情啟動跨部會指揮體系應變規定之異同，並以之前因應H1N1新型流感大流行與H7N9禽流感疫情啟動中央流行疫情指揮中心之經驗，進行生物病原災害應變體系檢討，做為未來政策改進之參考。