次世代定序(Next-Generation Sequencing, NGS)兼具不受限檢驗數目及高輸出量之優勢，常應用於病原體全基因定序及總體基因體學(metagenomics)研究。衛生福利部疾病管制署為強化傳染病監測工作，除架構通報法定傳染病之傳染病通報系統，亦部署不明原因感染原監測網絡，以監測社區中不明原因重症肺炎、不明原因腦炎及不明原因死亡個案。本次由北部某醫院於2023年7月底送驗1例不明原因腦炎病例，衛生福利部疾病管制署經收集該病例檢體並經qPCR檢驗後，檢出福氏內格里原蟲(Naegleria fowleri)，接續進行NGS總體基因體學定序，並經多元生物資訊軟體分析後，組裝出完整福氏內格里原蟲粒線體基因序列，成功運用NGS分析之科學實證，強化檢驗結果之正確性。本事件除讓國人瞭解從事水域活動時衛生安全之重要性外，也凸顯部署不明原因感染原監測網絡、推展不明原因病原體之精準檢驗技術、精進檢測不明原因病原體之NGS總體基因體學定序技術，為後新冠疫情時代之重要防疫整備工作。