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目前尚不清楚感染源。有報告指出在埃及、卡達與沙烏地阿拉伯駱駝體內分離出的MERS-CoV病毒與確診病例分離出的病毒基因高度相似;並且發現非洲與中東地區的駱駝體內有該病毒抗體。目前無法排除此病毒有其他傳染窩的可能性,為此曾經調查山羊、牛、羊、水牛、天鵝,及野鳥等動物,但其病毒抗體結果皆為陰性。因此根據目前研究,駱駝為最可能的潛在感染源。