為得到理想的結果，檢體之取得應注意下列事項：
（一）應於未開始治療前即予採檢，因為即使是數日的藥物治療仍可能殺死或抑制足夠量的結核菌，使細菌無法培養出來，而影響診斷的正確性。
（二）應將檢體收集於清潔、無菌、單次用的塑膠容器或經清潔、滅菌的玻璃容器。
（三）應收集至少三套痰檢體。
（四）儘速將檢體送實驗室檢驗。
（五）檢體運送時，應妥善包裝避免漏出或破損。
負責檢體採集及運送的工作人員，應備有檢體處理步驟的操作手冊。收取檢體時，須注意檢體是否適當（如量不足、包裝不良、儲存過久等），要成功的分離出病原菌除了需採得最適當的檢體外，同時要妥善予以運送、處理。
（六）檢體採集－肺部檢體的採集－雖然結核菌對人體各器官均可能造成病變，但是仍以肺部感染占最大的比例（約85％），其它分枝桿菌感染亦類似，因此實驗室最常見的檢體為肺的分泌物，一般可利用下列方式取得所需的檢體：
1、痰
為採得理想的痰檢體應指導受檢者，於取痰前應先以開水漱口，以減少口內的食物殘渣、漱口液、藥物等物質污染檢體或抑制結核菌的生長。同時於咳痰時，應用力咳出肺部深處的痰，而不是咳出唾液或喉頭分泌物。採得的痰檢體應收集於明確標示受檢者資料的適當容器再送檢，需採集的檢體數可依初期塗片鏡檢結果決定，例如於前三次檢查中有二次以上抹片鏡檢為陽性，則採集三次檢體即足夠；若三次檢查中只有一次或無抹片鏡檢為陽性，則需採集較多次檢體（一般約為六次）以確定是否罹病，有些病人只會咳出少量細菌或不規則的排菌，則此類病人增加採檢培養次數將能提高陽性率，若病人只能咳出很少量的痰，可收集24～48小時痰檢體以供培養所需，若檢體須外送至其它實驗室檢驗，則以早晨第一口痰檢體較24～48小時痰檢體不易受污染，若病人無法咳出痰可利用下列方法取得檢體。
2、導痰
利用吸入溫暖的霧化高張性食鹽水（5％～10％），以刺激肺部，誘導受檢者咳嗽及產生薄、水樣的檢體。由於採得的檢體呈水樣，應特別予以標示註明。
3、胃洗出液
無法以上述方法採得檢體時可利用本方法，為採得理想檢體受檢者須住院，於早晨未進食前或未離床前採檢，若利用本法取得的檢體應於4小時內處理完成。若採得的檢體未能立即送檢時，可加入10％ Na2CO3溶液或23％ Na3PO4溶液暫時保存，並於4小時內完成檢體處理。
4、支氣管沖洗液、擦刷物、活體切片及氣管穿刺抽取物
利用本方法採檢，除了能直接取得檢體外，往後數日並可使受檢者自然產生痰，以供檢查。
（七）肺外檢體的採集－肺外結核感染往往由於X光檢查、結核菌素皮膚試驗等檢查皆呈陰性反應，使分枝桿菌不被認為是肺外疾病的致病原，但是結核菌於人體各器官均可能造成病變，所以實驗室可能收到各種肺部以外的檢體，如體液、組織、膿、尿等，這些檢體約可分成二大類：
1、無菌採檢技術取得的體液
經醫師利用無菌技術抽出或外科手術取得的體液（如腦脊髓液、胸水、心包膜液、關節液、腹水、血液，膿、骨髓等）。此類檢體往往被大量液體稀釋，不易分離出結核菌，若要增加陽性率，可將檢體以1：5～10比例迅速接種入液體培養基（如Middlebrook 7H9, Dubos Tween Albumin Broth, Proskauer-Beck Broth），然後培養於35～37℃，10％CO2，暗處，每日以手搖動，以促使少量結核菌繁殖，每週觀察塗片，若陽性時，再轉種於固體培養基繼代培養，並鑑定之。若4～6週後仍未生長，則將接種的液體培養基離心3000 x g 以上，再取沉澱物種入固體培養基。若檢體凝固或無法即時種入液體培養基，可加入無菌草酸鹽或肝素抗凝劑後儘速送檢。自血液中發現分枝桿菌（尤其是愛滋病患者）雖然可比照一般體液進行接種培養，但是依目前技術之效果不佳，近來有利用溶血離心技術（Isolator Tube）效果不錯。
2、無菌採檢技術取得的組織
懷疑含有結核菌的組織檢體，可裝入無菌容器送檢（不能固定或防腐），若無法立即處理可加入無菌生理食鹽水防止乾燥並覆以乾冰，保持5～10℃，儘速送檢。收到的組織檢體應於BSC 內予以研碎均質化後直接接種入液體及固體培養基。若無法確定檢體是否污染，可將一半檢體種入液體及固體培養基，另一半檢體則經消化去污染處理再接種入培養基，接種於液體培養基者應如上述體液培養方法處理及檢查。