自五月初實施限水以來，疾病管制局為因應限水期間可能發生的疫情，隨即邀請專家學者研擬傳染病預防對策，並召開記者會及主動發佈乾旱期間預防傳染病的相關資訊，提醒民眾注意防範，並密切監控可能發生的疫情狀況，根據該局最新的監測資料顯示，台北縣不同供水系統的腹瀉的發生率有明顯差異，板新給水廠供水區為每十萬人口0.95人，翡翠水庫供水區的台北縣之腹瀉發生率為每十萬人口56.84人，台北市則為每十萬人口27.21人，該局特別呼籲限水地區民眾，在實施限水期間，由於供水管線及蓄水塔及民眾衛生習慣之差異，感染腸道傳染病的比率可高達六十倍之多，故民眾在此期間更需格外注意飲水衛生。

限水期間，該局除密集衛生宣導及加強疫情監測外，對疾病之防治一直處於高度警戒狀態，特別是在接獲限水以來首宗法定傳染病桿菌性痢疾疫情，隨即偕同地方衛生單位赴現場進行疫情調查、環境消毒、感染源調查及施以預防性投藥，並因建置疫情監視站隨時掌握疫情，而能及時發現最新疫情，儘速採取防治措施。在感染源調查方面，該局亦從供水系統及蓄水池是否遭受污染、民眾共同飲食來源、住家附近的餐飲供應商進行調查，並以大膽假設，小心求證的精神，探討可能的原因，但在未獲得確實科學數據證實的調查結果時，請民眾及媒體不要妄自猜測。

疾病管制局面對傳染性極強的桿菌性痢疾，均是依據極嚴謹的防治策略，按步就班進行調查，大膽假設，小心求證，疫情調查需蒐集完整資料後，再經提出各種假設，再予逐一否證，對於可能的感染源雖然尚未確定，但對於一切可能的感染源均已採取必要的防治措施，以防止疫情擴散。

最後，疾病管制局再度提醒民眾，為防止疫情擴大，請務必特別注意下列事項：

1. 停水期間亦應使用清潔且經消毒後之水源。
2. 注意受水池的衛生安全，且受水池應設置於地面上，以防受化糞池污染。
3. 不食用未經煮熟的食物或煮沸的水。
4. 進食前及如廁後要以肥皂徹底洗手，勿用手抓東西吃。
5. 食物如未吃完應放入冰箱或加蓋保存，以免受蒼蠅等病媒昆蟲污染。
6. 注意居家環境衛生，尤其家中最好使用有蓋垃圾桶，以免孳生蒼蠅等病媒昆蟲散播病菌。
7. 排泄物需妥善處理，不可隨地排放，以免污染水源。
8. 如發生腹瀉等疑似症狀，應儘速就醫，並加強個人衛生，避免從事照顧幼兒及處理食物等工作，以免散播病菌。