一、 船舶檢疫
鑒於船舶衛生狀況之改善及國際潮流之趨勢，從民國79年起實施之「國際港埠船舶衛生檢查作業要點」，為配合行政程序法之施行，將該要點相關條文納入民國90年2月27日修正施行之「國際港埠檢疫規則」，並取消「船舶衛生檢查證明書」。從此，凡自國外來抵達國際港埠之船舶，船長於船舶抵港前，應將船上人員健康狀況及船舶衛生狀況通報檢疫單位 ，經檢疫單位審查通報資料，認為該輪無散播傳染病之虞，得准予進港後，檢具「海事衛生聲明書」等資料辦理進港手續。如船長未事先將船上人員健康狀況及船舶衛生狀況通報檢疫單位，或船上有人員健康異常情形時，均由檢疫單位派員實施登船檢疫。

為防範鼠媒傳染病國際傳播，在民國96年6月15日前，航行國際之船舶應持有有效之除鼠/免除鼠證明書，而隨著國際衛生條例2005生效，船舶免予衛生管制/衛生管制證明書取代除鼠/免除鼠證明書，其範圍已擴大至有關船舶之公共衛生危害，而不侷限於鼠媒傳染病，我國在民國95年自願提前實施國際衛生條例2005，並參採該條例相關條文內容修正施行「港埠檢疫規則」。

二、 航空器檢疫
考量航機快速之特性，原規定航機抵達後，應提出「航空器衛生總聲明書」，於95年5月12日修正施行之「港埠檢疫規則」中刪除，但為防範疫病之境外入侵，特參採國際衛生條例2005及國際空中運輸協會之規定或指引，增訂航機異常通報之要求，並將相關處理程序增訂於工作手冊，以為異常事件發生處理之依循。