港區病媒管制之目的為控制國際港埠病媒密度，防範病媒傳播傳染病。各檢疫單位在國際港埠採取下列措施，以控制或杜絕病媒孳生繁殖，避免危害人體健康。

(一)成立「衛生安全小組」：
由本署各管制中心召集港埠經營管理機關(構)、移民署、港警局（航警局）、關務署、防檢局、海巡署及其他港區相關單位共同組成，每三至六個月召開會議（或視需要召開會議），規劃、協調及執行港埠地區衛生管制事項，維護出入境國際港埠衛生安全，以防範傳染病移入或傳出。

(二)港區鼠類管制：
常年在各國際港埠廣設毒餌站，內置抗凝血殺鼠藥，放在港區、機場鼠類易窩藏及出沒的場所，定期檢查及補充毒餌，以確保滅鼠效果。

(三)港區病媒蚊管制：
港區各種容器登革熱病媒蚊密度調查：定期就港區內空瓶、罐、輪胎等易積水之容器進行調查一次，瞭解病媒蚊孳生情形，並將容器及幼蟲加以清除，以防止繼續孳生。

設置誘蚊產卵器調查病媒蚊密度：定期在港區普遍設置誘蚊產卵器，內含亞培松殺蟲劑，以不織布供蚊子產卵，但是孵化的幼蟲隨即因殺蟲劑致死，無法羽化成蚊，以達防治效果，每月更換不織布，從產卵數來推算港區斑蚊指數。
成蚊調查：定期在港區選擇適當地點三至五處放置捕蚊器誘捕各種成蚊，並將捕獲成蚊加以分類統計，以瞭解病媒蚊族群及活動情形。

(四)船舶衛生管制：
為防止國際航線船舶傳播疾病，依國際衛生條例2005以及我國「港埠檢疫規則」第二十八條規定，要求航行國際船舶持有之衛生管制（免予衛生管制）證明書應在六個月效期內，屆期前需重新申請核發新證書，如經檢查發現鼠跡或需進行衛生管制措施者，須立即辦理衛生管制措施，再發給衛生管制證明書，如未發現鼠跡或不需進行衛生管制措施者，則發給免予衛生管制證明書。