衛生署疾病管制局6月2日接獲一例疑似腸病毒感染併發重症通報，該案為剛出生10天的新生兒，出生時即有黃疸與活動力不佳的狀況，其後因情況惡化，5月27日轉送某醫學中心治療後，仍於5月31日不幸死亡，實驗室已自檢體中分離出克沙奇B3型病毒，並由該局諮詢委員審查為確定病例。由於該醫學中心最近陸續收治3名（含個案）來自該名新生兒出生醫院之發燒病嬰，且有2名（含個案）分離出克沙奇B3型病毒，故懷疑是否為院內感染事件，目前感染來源及傳染途徑仍在調查中。
　　根據該局6月3日會同諮詢委員及衛生局前往該院了解結果，該院於事件發生後，已加強採取各項感染管制因應措施，自6月1日起出生之嬰兒已另安置於其他嬰兒室，並暫停母嬰同室措施，同時衛生局亦追蹤自5月17日起同嬰兒室其它新生兒（35名）及醫護人員（15名）之健康狀況，目前皆無疑似腸病毒感染症狀，已採取檢體送驗。
　　腸病毒傳染力極強，容易侵犯免疫力較低的新生兒，在流行期間，發生院內感染的機會很高，為維護新生兒的健康，該局已於「腸病毒感染併發重症臨床處理注意事項」手冊中，納入「醫療院所嬰兒室感染預防參考措施」，分發各醫療院所參考，該局鑑於目前正處腸病毒流行高峰期，為降低可能發生腸病毒院內感染，於5月20日函請各縣市政府協調轄區醫師公會，提醒醫師注意院內感染預防措施。
　　由於腸病毒也有可能在分娩過程中，由母親傳染給新生兒，該局特別提醒準媽媽們，若預產期間出現發燒症狀，務必告知醫師，也請醫院將新生兒與其他嬰兒做區隔，同時加強感染管制，若採取母嬰同室措施，在接觸或哺育新生兒前，務必更衣洗手，以防止感染的發生。