依據衛生署疾病管制局監測資料顯示，近年腸病毒的流行情形，基本上還是維持著在四到六月會有一個流行高峰，於暑假期間趨於平緩，而於九月學校開學後，再有一波小流行。目前腸病毒的監測體系，除併發重症個案依傳染病防治法需通報外，另疾病管制局也利用全國四百五十個定點醫師，針對手足口症及?疹性咽峽炎的門診輕症病患進行監測。根據該監測資料顯示，九十一年及九十年，感染腸病毒輕症的情形，雖然流行高峰都有提前，但流行幅度皆較往年為低，其流行係屬季節性的常態。今年自二十七週以後全國定點醫師通報腸病毒輕症的情形，似乎較去年為高，最近三週通報腸病毒平均門診人數分別為1.87、2.23、2.09，與去年同期比較（1.22、1.32、1.50）高，但是今年全國的腸病毒併發重症累積個案數迄今為63例（6例死亡），較去年同期的117例（22例死亡）為低。綜觀今年腸病毒的疫情，民眾可不必過分緊張，不過家長及小朋友們，仍不可因此掉以輕心，還是應該做好各項預防工作，才能確保不受腸病毒及其它傳染病的侵襲。

對於腸病毒及其它藉由接觸而傳染的疾病，保持個人良好衛生習慣是預防感染的不二法門，而勤洗手則是最基本的要求，例如：正確實施洗手之「濕、搓、沖、捧、擦」五步驟，不僅應教導並要求幼童確實做好洗手的動作，家長及老師也不應忽略洗手的重要性，以免照顧或接觸小朋友時，將手上的病菌傳染給小朋友。

另外，該局特別提醒家長注意家中幼童若感染腸病毒時，應時時觀察病童病情變化，若出現嗜睡、意識不清、活力不佳、手腳無力、肌躍型抽搐（類似受到驚嚇的突發性全身肌肉收縮動作）、持續嘔吐、持續發燒、煩躁不安、昏迷、頸部僵硬、肢體麻痺、抽搐、呼吸急促、心跳加快或心律不整等情況時，請務必立即就醫，以儘速接受適當的治療。