中國大陸2016年6月通報法定傳染病869,281例，死亡1,564人，呈上升趨勢或高於去年同期之疾病如下：

• 手足口病：處高峰期，6月報告近45萬3千例，與5月相當；今年1-6月累計約130萬例，為去年同期的1.3倍；歷年疫情自3月起上升，5-6達高峰後下降。
• 猩紅熱：處高峰期，6月報告約8,200例，與5月相當；今年1-6月累計約3萬3千例，較去年同期下降14%；歷年疫情於5-6月、11-12月出現兩波高峰。
• 百日咳：處相對高點，6月報告約480例，與5月相當；今年1-6月累計近2,600例，較去年同期下降10%；歷年疫情自12月起逐漸上升，延續至隔年3月後明顯攀升，8-9月達高峰後緩降。
• 狂犬病：處相對高點，6月報告54例，低於5月65例；今年1-6月累計約280例，較去年同期下降24%；狂犬病整體疫情自2005年逐年下降。