由於南投縣基層公衛護理人員依據衛生署法令規定執行預防接種業務，卻遭提起公訴案，引發了各方的負面效應，衝擊疫苗接種業務，且3月又將進入學幼童日本腦炎疫苗集中接種的季節。衛生署疾病管制局表示，基於鞏固全國防疫網，確保學幼童的健康，中央除積極進行傳染病防治法相關條文的修訂，另外衛生署相關單位及各級衛生單位均已全力動員，積極協調安排接種工作。

台灣歷年來日本腦炎流行季節主要在5月至10月間，高峰常發生在7月，為達預防成效，全國學幼童的日本腦炎疫苗接種，除少數延遲或追加的個案，均安排於3月至5月集中接種；於此期間，各縣市的衛生所室或合約院所均全面為幼兒施打疫苗，衛生所室的護理人員則必須與學校協商安排進行國小一年級生的接種作業。

針對南投事件可能造成學校接種的執行困擾，經查目前桃園、彰化、雲林、台東、金門、連江等縣及台南市共7個縣市，已運用轄區的各項資源與經費，確保該項接種工作的順利實施，而其他縣市亦均已全力展開協調處理、動員與調度。疾病管制局亦將會就轄區資源缺乏的縣市全力協調署立醫院等提供支援，務使幼兒及國小學童的日本腦炎疫苗接種工作能依序如期完成。