96年全國運動會即將於10月20日至10月25日於台南市盛大舉行，比賽項目共計35項，參賽選手近萬人。因傳染病易發生於人口聚集密集處，本局與教育部會商防範紅眼症於全國運動會蔓延，並行文請大會對參與運動會之選手及相關人員加強宣導個人衛生，以免傳染病發生；若有選手及人員身體不適，請即刻就醫。相關單位應加強傳染病監測管控，並依實際需要進行病例調查、管理及防治措施，避免造成疫情擴散。
近來全國各地陸續接獲紅眼症等疫情，衛生署疾病管制局除持續加強監測紅眼症相關疫情外，並提供「全國運動會紅眼症防治指南」，做為全國運動會紅眼症防治措施參考。全國運動會主辦單位應教育選手、教練、裁判、工作人員與觀眾等正確之紅眼症傳染途徑、預防方法及相關知識的正確認知；賽場及選手村應提供良善之洗手設施及洗手清潔劑，提醒相關人員確實洗手，並建議大會安排感染病人使用特定洗手台及廁所；同時應加強紅眼症之監測、應變與控制，並設立專責單位處理相關事宜。若進行清掃或消毒工作時，工作人員應穿戴手套、口罩等防護衣物，工作完畢後應取下，並避免碰觸其他物品而造成感染，同時應提高運動器具之清潔頻次。除游泳相關項目之比賽外，毋須特別限制，對游泳相關項目之限制規定，以規勸參賽患者盡量不參加比賽為宜。
疾管局呼籲民眾仍需加強留意，做好自我保護措施，注意雙手清潔，確實按照「濕、搓、沖、捧、擦」五步驟洗手；不要用手去揉眼睛，必要時用乾淨毛巾、小棉棒或衛生紙擦拭；不要共用毛巾，以免感染到紅眼症。傳染病相關防治問題，請撥打1922傳染病諮詢專線洽詢，或請參閱該局網站：http://www.cdc.gov.tw。