部分媒體報導H7N9流感中央流行疫情指揮中心於昨日（4/24）對首例境外移入H7N9流感確定病例說詞不一，指揮中心鄭重澄清：
    指揮中心在4月21日即已決定對於我國首例H7N9流感確定病例採謹慎之態度，在基因定序確認係H7N9流感病毒感染後，才完成確認程序，並迅速向國際及國內各界公開正式宣布，這種作法亦廣為世界各國採用。 
    指揮中心指出，昨日直至傍晚實驗室才完成基因定序工作，確認為H7N9流感病毒感染，隨即由衛生署邱署長、林副署長及張指揮官於下午五時三十分召開記者會，向公眾說明，並回應記者問題，作業迅速、公開、透明。而該日下午二時指揮中心回應媒體詢問時，基因定序工作尚在進行中，對於仍在檢驗中未完成之案件，一律以「檢驗中」做標準回答，所以副指揮官回應媒體詢問時強調「當時」國內無H7N9流感檢驗確定病例自是事實。未有說詞不一之情形，特此澄清。
    指揮中心強調，對於疫情發佈作業向來兼顧迅速、透明、公開與嚴謹，以期提供各界迅速、完整及正確的訊息。