臺灣地區腸病毒流行期每年約在4到10月，依定點醫師監測資料顯示，腸病毒病例佔就診人數之比率已連續6週升高，以疱疹性咽峽炎為多，中區及高屏區已超出警戒值，顯示腸病毒疫情已逐漸進入流行期，依該局腸病毒預測模式顯示未來4週病患人數仍持續呈現上升趨勢，高峰期約在6月中旬，請民眾務必小心防範，避免攜帶幼兒出入空氣不流通之公共場所，以防感染腸病毒引起腦炎、心肌炎等嚴重併發症。
今(96)年至目前為止，該局共接獲腸病毒重症通報病例6位，無確定病例，仍有3例研判(等待實驗室病毒分離結果)中。依定點醫師監測系統資料顯示，近4週腸病毒病例比率(千分比)為： 1.32、1.44、1.62、1.81，最近1週（96/04/22-28）腸病毒病例比率（1.81）較上週上升10.7%，低於警戒值（3.80）。依學校傳染病監測系統資料顯示，近4週學童罹病率（0.002%、0.002%、0.001%、0.001%）皆低於警戒值（0.007%）。依該局實驗室病毒分離結果顯示近4週以克沙奇病毒A4型（Coxsackie virus A4）為主。在鄰近國家腸病毒疫情方面，香港呈上升趨勢，日本及新加坡呈下降趨勢，流行株以克沙奇病毒為主。
臺灣地處亞熱帶，全年都有腸病毒感染個案發生，請保育人員及家長注意自身及孩童的衛生，並避免攜帶幼兒出入人潮擁擠、空氣不流通之公共場所。學童若感染腸病毒，宜請假在家休息至少一星期，並避免接觸家中幼兒；若不克請假，最好配戴口罩。若經醫師診斷感染腸病毒，要注意觀察病童是否有嗜睡、意識不清、活力不佳、手腳無力、肌躍型抽搐、持續嘔吐、持續發燒、煩躁不安、昏迷、頸部僵硬、肢體麻痺、抽搐、呼吸急促、心跳加快或心律不整等疑似症狀時，請儘速送請小兒科醫師診治，並敘明特殊病徵，而臨床醫師診治病童時，亦應提高警覺，詳細問診。
有關傳染病相關問題，請撥打1922傳染病諮詢專線洽詢，或參閱該局網站：http://www.cdc.gov.tw。