中國大陸2016年9月通報法定傳染病536,494例，死亡1,512人，呈上升趨勢或高於去年同期之疾病如下：

• 猩紅熱：疫情上升，9月報告約2,600例，為8月的倍；今年1-9月累計逾4萬2千例，較去年同期下降14%；歷年疫情於5-6月、11-12月出現兩波高峰，今年迄今趨勢與往年相似。
• 日本腦炎：疫情持平，9月報告約460例，與8月相當，但為去年同期的3倍；今年1-9月累計近1,100例，為去年同期的倍；歷年疫情自6月起上升，8月達高峰後明顯下降，惟今年8月後疫情仍處相對高點。
• 登革熱：疫情持平，9月報告約630例，與8月相當；今年1-9月累計近1,500例，較去年同期下降23%；歷年疫情自7-8月起上升，9-10月達高峰後下降，今年迄今趨勢與往年相似，且明顯低於前兩年，惟仍處相對高點。
• 其他感染性腹瀉病：疫情下降，9月報告逾9萬1千例，較8月下降22%；今年1-9月累計近80萬例，為去年同期的倍；2015年12月疫情上升，且延續至今年1月後緩降，5月起反升至8月後再度下降，惟仍處相對高點。