日本疫情嚴峻，近1週(6/2-8)通報3,044例，較前1週2,329例上升715例，為2018年以來新高，病例數以東京都(194)為多，其次為琦玉縣(175)。今年迄今已累計逾2.8萬例，並有報告嬰兒重症及死亡案例。該國於6/13發布疫情監測報告，今年截至5月下旬病例數為去年全年病例數逾5倍，其中近60%為青少年。自2024年以來陸續於東京/大阪/烏取縣/沖繩縣檢出抗藥性菌株，另今年4月報告1例新生兒因感染抗藥性菌株出現呼吸衰竭、肺動脈高壓及腎衰竭等症狀死亡，當局表示病例數仍持續增加，所有年齡層皆須注意防範措施。

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