中國大陸9月共通報法定傳染病553,992例，死亡1,656人。甲類傳染病報告鼠疫1例（死亡）及霍亂7例。乙類傳染病共通報306,819例，死亡1,623人，發病數居前5位的疾病為病毒性肝炎、肺結核、梅毒、細菌性和阿米巴性痢疾、淋病，佔乙類病例總數的96%。丙類傳染病通報247,165例，死亡32人，發病數居前3位的疾病為手足口病、其他感染性腹瀉病和流行性腮腺炎，佔丙類病例總數的95%。

其中有增加趨勢或明顯高於去年同期的疾病為：

1. 愛滋病報告4,727例，1,162例死亡，病例數及死亡數較去年同期（3,105例，901例死亡）分別增加52%及29%。
2. 麻疹報告414例，較去年同期（289例）增加43%。
3. 登革熱報告120例，較8月（32例）及去年同期（20例）分別增加275%及500%。
4. 鉤端螺旋體病報告141例，較8月（60例）及去年同期（104例）分別增加135%及36%。