罕見（≥1/10,000 至<1/1,000）、極罕見（<1/10,000）。根據疫苗仿單記載，超過一萬名受試者接種COVID-19疫苗後常見的不良反應可分為局部性（local reactogenicity），如接種部位紅腫、疼痛、或接種側之腋下淋巴結腫脹等；以及全身性（systemic reactogenicity），如發燒、倦怠、頭痛、寒顫、肌肉或關節痠痛等。由於疫苗的原理是將病毒的抗原或遺傳物質等免疫原打入人體，刺激人體免疫系統產生保護力，因此這些接種後反應，乃為人體建立免疫反應的正常現象。這些症狀多發生在疫苗接種後的數天內，並於症狀出現後的1–3天內緩解。根據疫苗的臨床試驗結果，接種者出現至少一種局部或全身性反應的機率可達55–80%以上。
        上述疫苗接種後不良反應發生的機率及嚴重程度除了隨著不同廠牌與使用的免疫原而有所差異外，也可能因接種者的年齡、接種劑次、或之前是否曾感染過COVID-19而異。一般而言，年輕人因免疫反應較強，出現接種後局部或全身性反應之機率與嚴重程度均較年長者（如大於55歲以上）為高。接種第二劑mRNA COVID-19疫苗後產生之不良反應通常較第一劑嚴重，但接種第二劑腺病毒載體COVID-19疫苗後出現的反應則較第一劑為輕。
        常見不良反應為接種疫苗後可預期之現象，出現與否或嚴重程度並不影響疫苗保護力。為降低不適，建議於接種後多休息，若持續有發燒或其他不適，可就醫並告知醫師相關症狀、發生時間與疫苗接種時間，經醫師處方後給予進一步處置或藥物治療。