對於印尼巴里島觀光局長一行人前來台灣說明巴里島桿菌性痢疾事件，衛生署疾病管制局表示，印尼官員宣稱檢驗結果為「大腸桿菌」與「阿米巴痢疾」，其所採檢為環境檢體，例如飲水及食物等，並未提出有關病人及餐飲從業人員等人體採樣檢體報告，故調查資料相當不完整。該局強調，由印尼代表的報告可知，巴里島當地餐廳的飲水及食物檢出「大腸桿菌」，顯示其已遭受糞便污染，而「阿米巴痢疾」也是我國傳染病防治法所規範的法定傳染病之一，對健康的危害並不亞於桿菌性痢疾，巴里島官員避談桿菌性痢疾，似有含糊說明之嫌。

今年台灣地區桿菌性痢疾本土個案共計109例，以台灣2300萬人口來看，發生率為百萬分之4.74，而今年境外移入個案累計123例，其中十一月就有112例，這112例中，有111例均為十一月七日至廿四日之間自巴里島遊旅回國的民眾，這些個案雖然分部各縣市，但其共同點則是均曾前往巴里島旅遊，而在這一段期間自巴里島旅遊的民眾共有7,437人，發生率為1.5%，與本土病例比較，兩者相差三千倍以上。

此外，經該局實驗室的菌株分析結果顯示，這些個案均來自同一感染源，首先，從菌株來看，雖然桿菌性痢疾的致病原痢疾桿菌有四型，但這111例個案的致病菌其菌株均為Shigella sonnei，其次以其中38株菌株進行八種抗生素的抗藥性分析來看，此38株僅對Trimethoprim-sulfamethoxazole(SXT)具有抗藥性，相對地這些菌株對於近來台灣北部地區分離的痢疾菌株呈現抗藥性的Ampicillin與Nalidixic acid則呈現感受性；再以這些菌株的基因分型來看，以聚合酶鏈鎖反應及質體分型實驗的方法分析結果，基因圖譜均呈現單一型別，顯示菌株來自同一感染源，以脈衝電泳分型法分析結果，此38株菌株均有相同的脈衝式電場電泳圖譜，且與台灣北部地區過去分離的菌有明顯不同的圖譜，由以上結果推論，其感染源應來自印尼巴里島。

我國目前自執行山地鄉桿菌性痢疾防治四年計畫以來，國內之桿菌性痢疾疫情已幾乎消失。本次巴里島疫情得以及早發現處理，未對國內防疫造成過大傷害，該局表示，應歸功於我國自SARS疫情後加強邊境管制措施，並針對病例同團旅客及接觸者擴大採檢及追蹤。自十一月二十五日以後入境旅客仍有零星腹瀉個案，但已無檢出桿菌性痢疾，目前疫情仍在持續監測中，並觀察疫情有無在國內蔓延。十一月七日至廿四日期間，自巴里島回國旅客總計共有111名陽性個案另有三名未出國的接觸者受到感染，此三件接觸感染病例與巴里島感染者之關係分別為夫婦、母女及室友，目前均已由衛生單位追蹤治療中。

在這段期間，疾病管制局已召開記者會5場，新聞稿6篇，不斷提醒民眾及旅遊業者，出國旅遊務必注重餐飲衛生，也確實獲得民眾及旅遊業者積極的配合，此次疫情才能獲得管控，未造成國人更大的危害。民眾如需桿菌性痢疾相關資料，可至疾病管制局網站（http://www.cdc.gov.tw）查詢。