衛生署於3月19日(星期一)上午10時假疾病管制局B1大禮堂舉辦「95抗登革專案指揮中心有功人員頒獎典禮」，由指揮官侯勝茂署長主持，邀請參與「95抗登革專案」的環保署、內政部、教育部、國防部、交通部、經濟部、財政部、行政院新聞局等部會及中央健康保險局、衛生署中醫藥委員會等單位出席，由侯勝茂署長頒發感謝狀，感謝各單位在95年底至今年初「登革熱中央流行疫情指揮中心暨前進指揮所」運作期間的努力與辛勞，並頒發專案獎章嘉勉指揮中心有功人員。
95年的登革熱疫情，從入夏以後發生跨縣市流行，當時即依據傳染病防治法於95年10月2日成立「登革熱中央流行疫情指揮中心暨前進指揮所」，積極整合防疫資源，希望能迅速有效控制疫情。由於相關部會的密切合作，指揮中心得以充分發揮協調整合、運籌帷幄的功能，再加上中央與地方政府的積極作為，在指揮中心運作三週後，登革熱整體疫情呈現下降趨勢，主要流行地區疫情已在控制之中，行政院因此核定於12月22日解除指揮中心任務，為「95抗登革專案」完美畫下句點，也為中央流行疫情指揮中心的運作，建立了良好的合作模式。各單位藉由這次併肩作戰的經驗，對於未來各種可能發生的傳染病流行，預期會有更好的合作默契與因應作為，為民眾營造一個免於傳染病威脅的生活環境。