為掌握國內登革熱病媒蚊之抗藥性情形，疾病管制局每年皆委託專家學者辦理「登革熱病媒蚊抗藥性評估計畫」，以長期監測病媒蚊抗藥性的變化，並提供各縣市衛生局作為採購防疫藥品之參考。另外，該局病媒昆蟲實驗室已輔導協助高雄市衛生局設立養蚊室，飼育其轄區內各品系之埃及斑蚊，並指導衛生局於噴藥前先行測試藥效，以利選擇有效噴藥；如有大規模噴藥，衛生局通常會請疾病管制局派員協助執行藥效評估作業，以提升噴灑技能並確認噴藥防治成效。
由於蚊蟲抗藥性的產生並非全面性，因此會依地區而有不同，同時長期的使用同種藥劑，將會加速蚊蟲抗藥性產生的頻度，而不當的噴灑方式更會降低防治的成效，所以建議輪替的使用殺蟲劑各種成份，並提升噴灑的技能，將可以避免蚊蟲抗藥性的問題。疾管局再次呼籲民眾，噴藥為一科學化的工作，應交由專業防治人員從事，方可避免惡性循環造成環境污染、防治失控的後果，而徹底清除居家環境內外的積水容器，消滅孳生源，才是根本解決登革熱之上策。