次世代定序技術於公共衛生領域之應用—以分析2014–2017年帶NDM-5抗藥基因之菌株為例
DOI: 10.6524/EB.201910_35(20).0001林鈺棋1、魏欣怡2、陳筱蓉1、慕蓉蓉1*
2019年 第35卷 第20期
通訊作者: 慕蓉蓉1*
摘要:
次世代定序(Next-Generation Sequencing, NGS)具有高輸出量及不受限檢測標的數目之優點,常運用於細菌抗藥基因研究。疾病管制署收集2014–2017年8株檢出帶NDM-5基因之carbapenem-resistant Enterobacteriaceae (CRE)通報菌株,分別來自北部2家(HH及TH)與南部1家(CH)醫院。在HH醫院5株CRE中,以脈衝膠電泳(pulsed field gel electrophoresis, PFGE)親緣分析、質體圖譜及NDM-5所在質體大小均相近,且NDM-5之NGS組裝片段相同,顯示其來源具流行病學關聯。來自TH醫院的TH1及TH2,其PFGE親緣分析、質體圖譜及NDM-5所在質體大小均相異,但NDM-5之NGS組裝片段相同,推測與傳播抗藥基因的插入序列IS26有關。而CH菌株的NDM-5質體則與國際間流行的NDM-5質體序列相近,顯示該質體可能為境外移入。本文彙整NGS技術用於解序重要抗藥質體之經過,以提供CRE抗藥機制之分子流行病學參考運用。建議未來持續監測國內CRE,以掌握國內抗藥細菌分布及流行情形。