中國大陸2018年9月法定傳染病共653,046例，其中死亡2,027人，呈上升趨勢或高於去年同期之疾病如下：

• 百日咳：疫情下降，9月約2,600例，較8月下降45%，今年截至9/30累計約18,000例，為2003年以來最高；歷年疫情於7-9月出現高峰，今年8月病例數已為2005年迄今之單月最高病例數。
• 日本腦炎：疫情下降，9月528例，較8月下降41%，今年截至9/30累計約1,800例，為去年同期的倍，且為2014年以來最高；歷年疫情多於6月上升，8月達高峰後下降。
• 登革熱：疫情上升，9月約1,500例，為8月份的倍，今年截至9/30累計逾2,400例；歷年疫情以8-10月病例數較多，2015-2017年每年約2,000-6,000例不等。