初期為黏膜期，此時傳染強但症狀不明顯，只有輕微咳嗽等類似感冒症狀，持續1–2週後症狀演進為陣發性咳嗽，此時傳染力逐漸降低，但咳嗽或哮喘仍可持續1–2個月或更長。鼻炎症狀改善後，開始一陣、一陣乾咳，進入陣發期。咳嗽的頻率增加，也咳得越來越嚴重，可持續幾天到幾週。連續咳嗽，咳到整個臉漲紅，舌頭眼睛凸出及流淚，可聽到哮喘(whoop)。最後進入恢復期，此時已不具傳染力，咳嗽逐漸減少且較不嚴重，可能持續咳嗽2–3週後痊癒。接種過疫苗的孩童三個時期的時間可能會縮短。大人則沒有明顯三個時期。

併發症中以肺炎為主要，嚴重者可致死亡，另外亦可能併發呼吸停止、缺氧、癲癇，偶而會併發缺氧性腦症或因持續性嘔吐引起營養失調等。

百日咳好發於五歲以下幼童，而六個月的嬰兒是併發症與死亡高危險群。其他年齡層亦具有可感染性，只是症狀輕微或不明顯， 常被忽略而未就醫，進而傳染給家中免疫力較差的嬰幼兒。

主要是由飛沫傳染，在普遍施打疫苗的環境下，病菌經常由兄弟姊妹或父母帶回家散播給年齡較小的小孩。

疫苗接種對於疾病的預防發生有效，但是對於已感染者傳播疾病的控制無效。不管是施打百日咳疫苗或感染百日咳所產生的免疫力並非終身存在。百日咳疫苗的保護期限約六至十年，沒有追補施打疫苗的成人，幾乎都沒有保護力，建議成人應補接種一劑疫苗。應儘量避免出入人潮擁擠之公共場所，擔心被感染的易感族群可戴口罩，並勤洗手，避免以手碰觸口鼻等黏膜處。避免帶未滿1歲或未接種疫苗的嬰幼兒至流行地區。

目前政府提供2個月、4個月、6個月及18個月大幼兒免費接種白喉、破傷風、非細胞性百日咳、b型嗜血桿菌及不活化小兒麻痺五合一疫苗 (DTaP-Hib-IPV)。滿5歲至入國小前追加一劑白喉破傷風非細胞性百日咳及不活化小兒麻痺混合疫苗(DTaP-IPV)。請家長按時攜帶幼兒前往衛生所或合約院所接種。

如出現任何疑似症狀，應戴上口罩立即就醫，並告知醫師是否有百日咳病人接觸史。

距離最後一次破傷風疫苗接種超過 10年，建議每10年追加1 劑Td，而其中高危險群如醫護照護人員、孕婦、嬰兒照顧者應優先接種1 劑減量白喉非細胞性百日咳及破傷風混合疫苗(Tdap)。