腸病毒仍處流行期疾管署監測資料顯示，上週（6月19日至6月25日）全國門、急診腸病毒就診人次共計26,744人次，與前一週（26,970人次）持平；本週各級學校進入暑假期間，預期就診人次將逐漸下降。目前社區以感染克沙奇A型輕症為主，惟仍有腸病毒71型散發個案；上週新增2例腸病毒重症確定病例，均感染腸病毒71型；今年累計9例確定個案，其中8例感染腸病毒71型、1例感染克沙奇A5型病毒。

上週無新增登革熱本土確定病例，新增4例境外移入病例，分別自印尼、菲律賓、泰國及新加坡移入；國際疫情資料顯示目前東南亞多國疫情處於相對低點，惟今年累計病例數多高於去年同期。另南高屏地區持續高溫，雨後積水容器致病媒蚊密度級數上升，本土疫情風險提升。

近期恙蟲病通報數持續增加，為近五年同期最高，病例感染地主要為花東地區及離島縣市，另今年於新北市及高雄市感染病例有增加現象。

世界衛生組織（WHO）6月23日公布，本週新增安奎拉(英國海外領地)為茲卡本土疫情國家，全球累計61國家/屬地出現茲卡本土病例，疾管署將其中56個現有流行疫情之國家/屬地旅遊疫情建議列為二級警示，包括泰國、菲律賓、越南、印尼及馬爾地夫5個亞洲國家。WHO於6月21日公布2016年巴西夏季奧運及殘奧會之旅遊建議，包含出國前接種流感、黃熱病等常規或旅遊相關疫苗，赴當地旅遊應防範蟲媒、食媒、性傳播等傳染病；惟因茲卡疫情持續，仍建議孕婦應避免前往。