1.病例通報：依傳染病防治法規定，茲卡病毒感染症屬於第二類法定傳染病，應於24小時內通報當地主管機關。
2.滅蚊：清除家戶內外積水容器，以免成為病媒蚊孳生源，如經評估有必要，可使用化學防治方法殺死帶病毒成蚊。
3.檢疫：自茲卡病毒感染症流行國家入境旅客，經國際機場體溫篩檢異常者，應接受採血及採集尿液檢體檢驗。
4.確定病例：
(1) 防疫措施：
A. 防蚊隔離：病人發病當天至發病後7天，或血液病毒核酸檢驗陰性之前，應避免被病媒蚊叮咬，住處應加裝紗窗、紗門，病人應睡在蚊帳內，離開蚊帳時應使用防蚊液。
B. 安全性行為：男性在3個月內及女性在2個月內均應使用保險套，採取安全性行為，或避免性行為，男性之性伴侶若為孕婦，則性行為時應戴保險套或避免性行為至性伴侶分娩。
C. 女性如計畫懷孕，應諮詢醫師做詳細評估。
D. 暫緩捐血：痊癒無症狀後一個月或血液病毒核酸檢驗陰性，才可再捐血。
E. 胎兒追蹤檢查：懷孕婦女應告知醫師流行地區活動史或相關暴露史，並每4週定期進行胎兒超音波檢查，以追蹤胎兒生長情形。(懷孕婦女之茲卡病毒感染症通報與檢驗流程)
(2) 治療方法：依症狀給予支持性治療，並讓病患獲得充足的休息，可用乙醯氨基酚 (Acetaminophen) 解熱劑解除部分不適感，使用抗組織胺解除病患因為丘疹而造成的搔癢，並補充足夠的水分，通常在感染後一週左右就會自行痊癒，但如需退燒，請勿使用阿斯匹靈 (Aspirin) 或任何非類固醇消炎劑 (Non-steroidal anti-inflammatory drugs, NSAIDs)。
(3) 追蹤採檢：
A. 血液：個案經檢驗確定感染茲卡病毒後，則後續採檢以間隔7日為原則，血液檢驗結果分子生物學核酸檢測為陰性，則停止追蹤採檢。
B. 精液：如果病患可提供精液檢體，則可採集發病後8週之檢體進行分子生物學核酸檢測。惟不論是否有進行精液之檢驗，病患均應採行安全性行為(使用保險套)至少6個月。
5.接觸者：
(1) 接觸者及感染源的調查：調查發病前3至14天至發病後7天(或發病後7天內被隔離前)的停留地點，並調查是否還有其他疑似病例。
(2) 接觸者處理：視疫情調查結果，針對個案密切接觸者或近期曾出現疑似症狀者採血及採集尿液檢體檢驗。